十六大以來，在稅收制度改革方面，隨著改革開放的深入和經(jīng)濟社會形勢的變化，按照黨的十六屆三中全會提出的“分步實施稅收制度改革”的任務(wù)和 “簡稅制、寬稅基、低稅率、嚴(yán)征管”的改革原則，主要的改革內(nèi)容是：改革出口退稅制度；統(tǒng)一各企業(yè)稅收制度；增值稅由生產(chǎn)型改為消費型，將設(shè)備投資納入增值稅抵扣范圍；完善消費稅，適當(dāng)擴大稅基；改進個人所得稅，實行綜合和分類相結(jié)合的個人所得稅制；實施城鎮(zhèn)建設(shè)稅費改革，條件具備時對不動產(chǎn)開征統(tǒng)一規(guī)范的物業(yè)稅，相應(yīng)取消有關(guān)收費；在統(tǒng)一稅法的前提下，賦予地方適當(dāng)?shù)亩愂展芾頇?quán)；創(chuàng)造條件逐步實現(xiàn)城鄉(xiāng)稅制統(tǒng)一。相對于1994年全面、大動作的稅制改革，新一輪的稅制改革是結(jié)構(gòu)性、漸進式的調(diào)整。

　　從具體的稅改安排和進展看，一是農(nóng)村稅費改革全面轉(zhuǎn)向農(nóng)村綜合改革階段。2004年，財政在改革糧食流通體制中對種糧農(nóng)民實行直接補貼，并全面取消了除煙葉外的農(nóng)業(yè)特產(chǎn)稅；2005年，全面取消牧業(yè)稅，592個國家扶貧開發(fā)工作重點縣全部免征了農(nóng)業(yè)稅；2006年，在全國范圍內(nèi)取消農(nóng)業(yè)稅，徹底改變了兩千年來中國農(nóng)民因從事種植業(yè)而交納“皇糧國稅”的歷史，國家與農(nóng)民的分配關(guān)系發(fā)生根本性變革；從2006年起，農(nóng)村稅費改革步入了以鄉(xiāng)鎮(zhèn)機構(gòu)改革、農(nóng)村義務(wù)教育體制改革、縣鄉(xiāng)財政管理體制等各項配套改革為主要內(nèi)容的農(nóng)村綜合改革的新階段；2007年全面推開農(nóng)村義務(wù)教育經(jīng)費保障新機制，在全國農(nóng)村普遍實行免除義務(wù)教育學(xué)雜費，將義務(wù)教育全面納入了公共財政保障體系。

　　二是增值稅轉(zhuǎn)型穩(wěn)步推進。2004年9月，增值稅轉(zhuǎn)型改革以東北地區(qū)8大行業(yè)試點為開端，正式拉開了序幕，2007年決定在中部20多個工業(yè)城市擴大推進增值稅轉(zhuǎn)型改革試點，并研究在全國范圍內(nèi)的實施方案于2009年之后推開。

　　三是所得稅改革邁出新步伐。企業(yè)所得稅方面取得重大改革進展，從2008年1月1日起，內(nèi)、外資企業(yè)所得稅法實現(xiàn)兩法合并，結(jié)束了我國沿用十多年的內(nèi)外資企業(yè)執(zhí)行兩套稅法的“雙軌”時代。個人所得稅方面，從2006年1月1日起，個人所得稅工資、薪金所得費用扣除標(biāo)準(zhǔn)，從800元調(diào)整到1600元，2008年3月1日起進一步調(diào)整為2000元，2011年再次提高為3500元，并同時調(diào)整了超額累進的稅率、級距、級次設(shè)計。

　　四是研究實施有利于節(jié)約資源能源和開發(fā)新能源的財稅政策，積極調(diào)整和完善資源稅政策。2010年下半年，由新疆起步實施原油、天然氣資源稅由從量征收改為從價征收的改革，在分步推進后，2011年這一改革在區(qū)域覆蓋面上已擴及全國，2012年后將擴大其品種覆蓋面。

　　五是在住房保有環(huán)節(jié)稅收的改革方面，于2011年啟動了上海、重慶兩地的房產(chǎn)稅試點，將在取得經(jīng)驗后適時擴大改革試點范圍。這一改革是密切關(guān)聯(lián)地方稅體系建設(shè)、房地產(chǎn)業(yè)長期健康發(fā)展和優(yōu)化收入分配、財產(chǎn)配置機制的重要制度建設(shè)。

　　六是實施營業(yè)稅改增值稅的改革。2012年1月起上海率先實施了“營改增”的改革試點，2012年8月之后，全國將有十個左右省市陸續(xù)跟進。這一改革旨在消除營業(yè)稅的重復(fù)征稅因素，從而激勵引導(dǎo)原被營業(yè)稅覆蓋的市場主體改變“小而全”、“大而全”傾向，發(fā)揮能力、潛力實現(xiàn)專業(yè)化細分，在減輕實際稅負的同時形成升級換代的經(jīng)濟激勵，進而提振消費、擴大內(nèi)需和優(yōu)化產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)。

　　七是在2009年應(yīng)對世界金融危機的宏觀調(diào)控中大力實施結(jié)構(gòu)性減稅，在關(guān)稅環(huán)節(jié)有選擇地降低稅負，對中小企業(yè)實施所得稅減半征收，2011年下半年推出把小微企業(yè)簡易征稅辦法中的“起征點”由最高5000元提高到最高20000元。這些措施成為“反周期”調(diào)控、改善企業(yè)經(jīng)營環(huán)境和改善民生的積極手段。

　　八是在稅收征管方面，2004年新《稅收征管法》及其《實施細則》等一批法規(guī)相繼頒布實施，使稅收征管力度加強，規(guī)范性提高，促進了稅收收入的持續(xù)大幅度增長。